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📄 ICML 2024論文解説: AlphaFlow — フローマッチングによるタンパク質構造アンサンブル生成

本記事は arXiv:2402.04845 の解説記事です。 論文概要(Abstract) AlphaFlowは、AlphaFold2やESMFoldといった既存のタンパク質構造予測モデルをフローマッチング(Flow Matching)によって再学習し、単一構造予測器を構造アンサンブルの生成モデルに転換する手法である。タンパク質は溶液中で複数のコンフォメーション(構造状態)を取るが、Al...

📄 論文解説: AFsample2 — MSAカラムマスキングによるAlphaFold2の構造多様性拡張

論文概要(Abstract) AFsample2は、AlphaFold2(AF2)の推論時にMSA(Multiple Sequence Alignment)のカラムをランダムにマスキングすることで、共進化シグナルを減衰させ、構造予測の多様性を拡張する手法である。著者らは、OC23データセット(23種のopen/closed状態を持つタンパク質)において、AFsample2が78.3%のター...

📄 論文解説: Test-Time Strategies for Agentic RAG

本記事は Test-Time Strategies for More Efficient and Accurate Agentic RAG 論文 (arXiv:2603.12396) の解説記事です。 論文概要(Abstract) 本論文は、Agentic RAG(Retrieval-Augmented Generation)システムにおけるtest-time compute(推論時計算...

📄 論文解説: Misspecified Gaussian Process Bandit Optimization

論文概要(Abstract) 本記事は Misspecified Gaussian Process Bandit Optimization (arXiv:2209.04745) の解説記事です。 Bogunovic & Krause(2022)は、GP-UCBアルゴリズムにおいてGPサロゲートモデルが誤特定(misspecified)されている場合、すなわち真の目的関数がGPの仮...

📄 論文解説: Transfer Learning for Bayesian Optimization on Heterogeneous Search Spaces

論文概要(Abstract) 本記事は Transfer Learning for Bayesian Optimization on Heterogeneous Search Spaces (arXiv:2309.16597) の解説記事です。 本論文は、「異種探索空間」(ソースタスクとターゲットタスクで入力変数の数・型・スケールが異なる場合)間でのベイズ最適化転移学習を体系的に扱った研...

📄 論文解説: Pre-trained Gaussian Processes for Bayesian Optimization (HyperBO)

論文概要(Abstract) 本記事は Pre-trained Gaussian Processes for Bayesian Optimization (arXiv:2209.08538) の解説記事です。 Wang, Dahl, Swersky, Lee, Nado, Gilmer, Snoek, Ghahramani(2022、NeurIPS 2023採択)は、複数の関連する最適化...

📄 論文解説: Practical Transfer Learning for Bayesian Optimization

論文概要(Abstract) 本記事は Practical Transfer Learning for Bayesian Optimization (arXiv:2211.09819) の解説記事です。 Feurer, Letham, Hutter, Bakshy(2022)は、ベイズ最適化(BO)における転移学習の実用的な手法として、加法GPモデル(transfer GP + loca...

📄 論文解説: A-RAG — Agentic Retrieval-Augmented Generation

論文概要(Abstract) 本記事は A-RAG論文 (arXiv:2602.03442) の解説記事です。 A-RAGは、従来のpassive RAG(単発検索+生成)の限界を超え、LLMエージェントが検索戦略を動的に計画・実行・評価するフレームワークである。クエリ分解、マルチラウンド検索、自己評価ループを統合し、階層的検索インターフェース(keyword_search / sema...